Già considerato "rarissimo esemplare superstite di quel tipo che nel Rinascimento veniva definito organo da muro" lo strumento fu commissionato dai frati di S. Francesco a mastro Paolo Pietro di Paolo di Montefalco, così come risulta dal rogito datato 22 settembre 1509 per mano del notaio Pompeo di ser Nicola di Montefalco. Con tale atto mastro Pietro Paolo si obbligò a consegnare, prima del Natale "unum parum organorum" per il prezzo convenuto di 80 fiorini, sotto pena di 10 fiorini in caso di inadempienza. La pesante penalità ci fa certi che il "paio d’organi" -cioè l’organo composto dal prospetto con canne di facciata e nel retro le canne di registri diversi – suonò per la prima volta nel Natale 1509. L’organo fu aggiustato una prima volta nel 1526; lo strumento così modificato fu preso in tale considerazione che il Comune stipendiò un organista dal 1528 al 1695. Nel corso del XVIII secolo subì nuovi interventi con rifacimento del somiere con l’aggiunta della voce umana e della cornetta: l’intervento venne eseguito dalla famiglia Fedeli, organari marchigiani, molto attivi anche in Umbria. Tra la fine dell’Ottocento e gli inizi del Novecento l’organo fu ampliato per opera di Rodolfo Luna, il quale sostituì la tastiera, pedaliera, manticeria e basseria. La cassa, appesa alla parete, ha il prospetto in legno intagliato dipinto a tempera ed è diviso in cinque campate: la maggiore al centro con il secondo ordine di canne morte sovrapposte alle due campate reali minori. I dipinti della cimasa raffigurano San Domenico e San Francesco, ai lati Santa Caterina da Siena e Santa Chiara. In alto l’Annunciazione. Nella cantoria sono allocati dieci comparti con tele su tavola raffiguranti dal fianco sinistro: San Didaco, Santa Chiara d’Assisi, San Bonaventura da Bagnoregio, Sant’Antonio da Padova, San Giuseppe, Sant’Emiliano, San Bernardino da Siena, Santa Maddalena, Santa Lucrezia e Santa Caterina d’Alessandria. Tutti i dipinti sono riferibili al XVII secolo. Il nucleo più antico delle canne d’organo risale alla prima costruzione del 1509, come risulta dal contratto, edito da tempo, che ha contribuito alla fama di questo strumento ed è "il complesso di canne più antico esistente in Umbria ed uno dei più antichi in senso assoluto". Si è rivelatonon solo interessante per le sue particolarità costruttive, ma anche notevolmente consistente in relazione sia alla sua antichità sia alle condizioni usuali nelle quali si presentano oggi gli strumenti coevi. Come frequentemente succede, in simili casi, dal riordinamento delle canne risulta una fisionomia dello strumento che non coincide più con le strutture posteriori (somiere, crivello, catenacciatura, ecc) Poiché aspetto rilevante del restauro organario, accanto alla pura e semplice conservazione dei materiali, è quello del ripristino delle migliori condizioni di funzionalità delle canne stesse, si è profilata come obbligata la scelta della ricostruzione degli elementi strutturali in modo da riportare le canne in funzione delle canne stesse. Lo strumento è stato quindi ripristinato secondo la disposizione riportata di seguito. Scheda tecnica1 37 canne di facciata dal Do1 suddivise in cinque campate Tastiera di 45 tasti Pedaliera di 8 pedali (Do1 – Si1) Registrazione: Blocco di tiranti a manetta raggruppante i registri cinquecenteschi. Principale Ottava Quintadecima Decimanona Vigesimaseconda Vigesimasesta Flauto in Ottava Blocco di tiranti a pomello raggruppante i registri Sei-Settecenteschi. Voce umana Fedeli Cornetta Fedeli Flasuto in Duodecima Sec.XVII Somiere a Tiro Crivello in "arbuccio" due mantici a cuneo con azionamento manuale (forniti anche di elettroventilatore) Corista 440 Hz Temperamento del Tono Medio Il restauro/ripristino secondo le linee indicate ha reso possibile anche in Umbria la disponibilità di uno strumento idoneo per l’esecuzione e lo studio della mirabile letteratura organistica classica italiana, testimonianze dalla quale sopravvivono anche nella regione: il manoscritto di Santa Maria Maggiore di Spello, quello della Biblioteca del Sacro Convento di Assisi e, soprattutto, la figura di Girolamo Diruta autore del testo didattico basilare a cavallo del Cinque e Seicento.
