L’edificio risulta in costruzione tra il 1256 e il 1262 e fu poi Bonvicino, un frate cavaliere assai influente durante i pontificati di Gregorio IX, Innocenzo IV e Alessandro IV, a concretizzare il progetto dei Templari. Lo stesso Bonvicino provvide ad inviare una lettera alle autorità cittadine intitolata super aedificatione ecclesiae Sancti Benvegnati. Nel 1312, con la sospensione dell’Ordine templare, il monastero passò ai cavalieri di San Giovanni di Gerusalemme. Nel 1324 Ricco di Corbolo, un mercante di Perugia, acquistò tutto il complesso e vi insediò una comunità monastica femminile, posta sotto la regola dell’Ordine di San Giovanni. Nel 1517, per problemi economici, le monache furono costrette ad abbandonare il monastero che ritornò in possesso dell’Ordine di San Giovanni di Gerusalemme. Da quella data la chiesa perde progressivamente d’importanza e nel 1860, con la soppressione di vari enti religiosi, la chiesa diviene proprietà del Comune ed è definitivamente secolarizzata. La tipologia del tempio, nato come luogo di culto di un ordine militare, mostra strette affinità con le spoglie e disadorne cappelle fatte costruire dai frati cavalieri in Palestina e presenta le stesse caratteristiche architettoniche della chiesa di Santa Maria di Monteluce e dell’abbazia di Santa Maria di Valdiponte a Montelabate, costruite sulla medesima linea di orientamento campagna-città su cui è posta la stessa San Bevignate. All’interno è una navata unica con due campate coperte da volte a crociera (mentre la copertura originale doveva essere a capriate); l’abside quadrata, posta al di sopra di una cripta e leggermente rialzata rispetto al piano della chiesa, è introdotta da un grandioso arco trionfale. Tutta la storia del luogo traspare in modo evidente dai cicli iconografici di diverse epoche compresenti sulle pareti: la Processione di flagellanti, la splendida Battaglia fra templari e musulmani e la breve Legenda di san Bevignate, sul cui mantello molti pellegrini e devoti incisero i propri graffiti nel corso del Quattrocento e del Cinquecento. La navata e l’abside sono ricoperte di interessanti affreschi iniziati subito dopo l’edificazione del tempio. Nella cella absidale, dove compaiono anche numerosi motivi simbolici collegati con l’Ordine templare come croci cosmologiche e stelle, si susseguono dipinti (1260-1270) vicini per stile ad altri esempi perugini del XIII secolo, come quelli in San Prospero. A questa stessa fase decorativa appartengono anche gli affreschi dell’arco trionfale e della controfacciata, mentre ad un periodo successivo, databile intorno al 1280 (probabilmente coincidente con una riconsacrazione della chiesa), sono riferibili le figure di Apostoli distribuite per tutto il perimetro dell’edificio. La chiesa, negli ultimi secoli, ha subito numerose trasformazioni strutturali, la maggior parte delle quali abbastanza improprie: da deposito legnami a canile, da caserma dei Vigili del fuoco a magazzino. Nel 2003, con un finanziamento di 500 000 euro (proveniente dai fondi messi a disposizione per i restauri dei danni causati dal terremoto del 1997) è stato progettato un intervento complessivo legato alla conoscenza dell’edificio e alla sua storia. Altri 750 000 euro (erogati in tre anni) hanno permesso di intervenire globalmente su tutta la struttura. Nel 2005 il Governo italiano ha erogato altri 560 000 euro con i quali si è messo in opera il progetto che prevede la trasformazione dell’unica navata della chiesa in una sala per eventi culturali capace di 250 poltrone, e l’intero complesso ospiterà un centro internazionale di studi sull’Ordine dei monaci guerrieri che difendevano gli itinerari dei pellegrini in Terra santa. L’apertura al pubblico, inizialmente prevista per il maggio del 2008, è avvenuta 20 marzo 2009. I lavori di restauro hanno riservato una gradevole sorpresa: proprio durante i lavori preparatori al cantiere, dopo la demolizione del pavimento della chiesa, è stato rinvenuto un ampio tratto di pavimentazione in cotto e, a una quota inferiore, un tratto di pavimentazione in mosaico di periodo romano attribuibile a una domus romana. Gli scavi sotto la navata, a cura della Soprintendenza Archeologica, hanno restituito un sistema di cinque vasche diverse per tipologie e superfici. Due sono collegate tra loro e presentano una pavimentazione a mattoncini disposti a spina di pesce. In una di queste è stata recuperata anche una moneta di bronzo, databile tra il III e il II secolo a.C. Sono stati inoltre rinvenuti dei canalicoli simili ai moderni impianti fognari. Secondo gli esperti, che lo hanno definito un reperto molto raro, si tratterebbe di un impianto artigianale per il trattamento dei tessuti (fullonica).
